1- Puedes revisar otros archivos de configuración de systemd. Es posible que haya otros archivos de configuración relacionados con el apagado que necesiten ser ajustados. Verifica si tienes configuraciones personalizadas en archivos como /etc/systemd/system/*.service que puedan estar afectando el proceso de apagado. Puedes hacer esto con:
sudo systemctl status session-2.scope

2- Desactivar servicios no necesarios al apagado. A veces, el mensaje de «A stop job is running for session» puede ser causado por un servicio que no se apaga correctamente. Verifica si hay algún servicio que esté tomando demasiado tiempo para detenerse durante el apagado, usando el siguiente comando para listar los servicios en ejecución: systemctl list-units –type=service

3- Modificar el valor de DefaultTimeoutStopSec globalmente. Asegúrate de que hayas editado el archivo /etc/systemd/system.conf correctamente y que no haya conflictos con otros archivos de configuración. En vez de 5s, también podrías probar un valor más bajo como 1s o 10s para ver si eso tiene un efecto.

4- Limpiar unidades huérfanas. A veces, unidades o procesos huérfanos pueden causar retrasos. Puedes limpiar las unidades que ya no están en uso con el siguiente comando: sudo systemctl reset-failed

5- Reiniciar systemd para aplicar cambios. Después de realizar cambios en los archivos de configuración de systemd, asegúrate de reiniciar el sistema para que se apliquen correctamente: sudo systemctl daemon-reexec

Y si el problema persiste, siempre puedes revisar los logs de systemd: journalctl -xe

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